whoami

Filipe Fernandes

(ocefpaf)

Oceanógrafo Físico por profissão, programador por acaso, educador por paixão.

ps aux != “work”

O que é oceanografia?

(em 3 slides)

slides = iter([1, 2, 3, 4])
next(slides)

• um curso essencialmente científico com foco primariamente acadêmico;
• bases em física, química, biologia, e geologia;
• oceanógraf@s sabem um pouco de tudo, mas nada em profundidade.

next(slides)

O que todos acham que é:

next(slides)

O que realmente é:

next(slides)

Mas nem tudo é trabalho

next(slides)

O mercado de trabalho…

StopIteration
Traceback (most recent call last)
<ipython-input-8-943ae0641b78> in <module>()
----> 1 next(slides)

StopIteration:

ps aux | grep “work”

IOOS/RAs

ps aux | grep “volunteer work”

ps aux | grep “academia”

if bad_results: break

climatecode

Evasão da academia

ps aux | grep “OSS work”

ps aux | grep “OSS work”

• Apenas uma inspiração para não programadores na audiência.
• Projeto inicial era de um oceanógrafo!
• Fernando Perez é Físico e desenvolveu o projeto durante o doutorado.
• Minha participação foi pequena: nbconvert.

• Comunidade do UK Met Office no GitHub.
• Todo o trabalho deles é OSS.
• Um exemplo de como um órgão governamental deve agir!

Iris

Cartopy

• Começo turbulento
• Muito academicismo e pouco Software
• Suporte da UNESCO e SCOR/IAPSO Working group 127

• Uma organização aberta a toda comunidade oceanográfica que se interessa por programação.
• A ideia é não ter vínculos com governo, empresas, universidades, etc.
• Um espaço aberto à todos.

gridgeo

gridgeo

python-ctd

from ctd import DataFrame
cast = DataFrame.from_cnv('g01l06s01.cnv')
downcast, upcast = cast.split()
fix, ax = downcast['t090c'].plot()

pocean-core

attributes = {
  'global': {
    'title': 'Fake mooring',
    'summary': 'Vector current meter ADCP @ 10 m',
    'institution': 'Restaurant at the end of the universe',
    'cdm_timeseries_variables': 'station',
    'subsetVariables': 'depth',
  },
  'longitude': {
    'units': 'degrees_east',
    'standard_name': 'longitude',
  },
   ...
}

Metadata is love

netcdf fake_buoy {
  dimensions:
    station = 1 ;
  variables:
    double longitude(station) ;
    longitude:axis = "X" ;
    longitude:units = "degrees_east" ;
    longitude:standard_name = "longitude" ;
  // global attributes:
    :Conventions = "CF-1.6" ;
    :cdm_data_type = "Timeseries" ;
    :summary = "Vector current meter ADCP @ 10 m" ;
    :institution = "Restaurant at the end of the universe" ;
    }

erddapy

from erddapy import ERDDAP

constraints = {'time>=': '2016-07-10T00:00:00Z',
               'time<=': '2017-02-10T00:00:00Z',
               'latitude>=': 38.0, 'latitude<=': 41.0,
               'longitude>=': -72.0, 'longitude<=': -69.0,}

variables = ['depth', 'temperature',]

e = ERDDAP(server='https://data.ioos.us/gliders/erddap',
    constraints=constraints,
    variables=variables,
)

erddapy

folium

• provavelmente o projeto de maior alcance fora de área de Met/Ocean
• comunidade com crescimento orgânico e rápido
• missão: facilitar a instalação de software

Por que?

community

@conda-forge/core

objetivo

• Segue os moldes do UK Met Office.
• Gerencia Software, uso das tecnologias, dados, e projetos no GitHub.
• O objetivo principal é melhorar a passagem do conhecimento através de várias gerências.

Data Demo Center

https://ioos.github.io/notebooks_demos

Code Gallery

Notebook time!

Já que o assunto é Ciência

• Quantos aqui tem um diploma em ciência básica?
• Quantos não mais praticam essa ciência no dia-a-dia?
• Quem se (re-)encontrou na área de tecnologia/data science?

Quem faz ciência?

• constrói e organiza conhecimento
• testa explicações sobre o universo:
• sistematicamente,
• objetivamente,
• de forma transparente,
• e reprodutível.

Ciência conta com:

• revisão pelos pares
• ceticismo
• transparência
• atribuição
• prestação de contas
• colaboração
• e impacto!

Exemplo: missão da UFSC

Qualidade, Inovação, Atuação, Inclusão, Internacionalização, Liberdade e responsabilidade, Autonomia, Democrática e plural, Otimização administrativa, Transparência, Ética.

O ponto é

Fazer ciência não é tão diferente assim de programação!

Mas “codar” ciência não é fácil?

O que eu, profissional da tecnologia, tenho isso?

Por que devo me importar?

clique aqui para ver o notebook

Colocando a mão na massa!

Consigo ver o mar subindo? (Spoiler: não!)

http://pangeo.pydata.org

sea-surface-height.ipynb

Quer dizer, com um super cluster, jupyter, python, xarray, dask, kubernetes, data cloud, e +70 Gigas de dados, sim!

sea-surface-height.ipynb

Scientific Software pledge

• Desenvolver Software aberto desde o início, sempre que possível.
• Contribuir para a sustentabilidade do Software que uso e dependo.
• Aplicar práticas propostas de engenharia de software de acordo com as necessidades e recursos reais do projeto.

Scientific Software pledge..

• Ajudar os pesquisadores a melhorar a qualidade do seu software sem julgar.
• Publicar as contribuições intelectuais do meu software de pesquisa.
• Documentar (incluindo instruções de uso e exemplos de entrada e saída), pacotes, releases, e versões arquivadas do meu software.

Resumo

• É difícil conseguir unicórnios para programação científica.
• Mas não precisamo de unicórnios, precisamos apenas de uma ponte entre programadores e cientistas.

Perguntas?